JavaScript devre dışı bırakıldığında çoğu site düzgün çalışmadığından, Tor Browser üzerindeki NoScript uygulaması, varsayılan olarak JavaScript kullanımına izin verecek şekilde yapılandırılmıştır. JavaScript varsayılan olarak devre dışı bırakılsaydı çok fazla sorun çıkacağı için çoğu kullanıcı Tor kullanmaktan vazgeçerdi. Hedefimiz Tor Browser uygulamasını olabildiğince çok kişinin olabildiğince güvenli bir şekilde kullanması. Bu nedenle JavaScript varsayılan olarak etkin bırakılmıştır.

For users who want to have JavaScript disabled on all HTTP sites by default, we recommend changing your Tor Browser's Security Levels option. This can be done by clicking on the Security level icon (the shield right next to the URL bar) and then clicking on "Settings...". "Standart" düzey JavaScript kullanılmasına izin verir, "Daha güvenli" düzey HTTP sitelerinde JavaScript kullanılmasını engeller ve "En güvenli" düzey JavaScript kullanılmasını tümüyle engeller.